Перейти к содержимому
Логотип STRING

MCP-сервер STRING

Какие серверы из официального реестра MCP принадлежат STRING, отвечают ли они и что умеют. Всё это проверила программа, а не переписал человек со страницы продукта.

прочитано 2026-10-15

← Назад к STRING

Чей это сервер
  • Имя в реестреorg.string-db/string-mcpподтверждён в реестре MCP

Имя в реестре лежит в пространстве string-db.org. Реестр пускает в такое пространство только того, кто доказал владение доменом через DNS или HTTP.

Что он ответилпроверено 2026-10-15
  • Состояниеотвечаетпроверено 2026-10-15
  • Инструменты17
  • Сервер называет себяSTRING Database MCP Server
  • Версия сервера2.14.7
  • Версия протокола2025-06-18

2026-10-15 сервер ответил на initialize и tools/list без входа. Первый ответ за 208 мс.

Стоит ли агенту его подключатьПока не ясно
  • Делают ли инструменты работу продукта, ещё не проверено.

После подключения

  • Для «look up a protein's interaction network by name» вероятный первый вызов - string_resolve_proteins.
  • string_create_file меняют данные без входа: вызвать их может любой, у кого есть адрес.

Вывод сделан правилами по замерам выше. Вероятный первый вызов выбрала модель по списку инструментов: прочитайте описание, прежде чем на него полагаться.

Замер каждый деньежедневных проверок: 8, первая 2026-10-19
  • Оценка INITE MCP61 из 100отвечает 100 · описания 83 · контекст 70 · использование 23 · снижена из-за предупреждений ниже
  • Использование7 звёзд на GitHub
  • Отвечал100% днейответов на ежедневные проверки: 8 из 8
  • Медиана первого ответа536 мс
  • Место в контексте агента≈ 9 177 токеновописания всех инструментов (17), агент держит их в контексте на каждом ходу
  • Описания инструментовB · 83 из 100
  • Типизированные ответы17 из 17 инструментовобъявлен outputSchema: ответ приходит с типами и читается сразу
  • Не сказано, только читает инструмент или может удалять: 17 из 17

Что агент может с ним сделать

  • может · look up a protein's interaction network by name
  • не ясно · run enrichment analysis on a ranked protein list
  • не ясно · build an interaction network from protein sequences

Каждый сценарий продукта мы задали Jev вместе со списком инструментов сервера: может ли агент сделать это этими инструментами?

На что посмотреть

  • Инструменты, которые меняют данные, на сервере, который отвечает без входа: string_create_file

Программа проверяет сервер раз в день: initialize и tools/list, без модели. Токены - это длина описаний из расчёта примерно четыре символа на токен. Оценка - среднее шести проверок имени, описания, схемы и аннотаций каждого инструмента. Она говорит, насколько понятно описаны инструменты, а не о том, работают ли они. Оценка складывается только из замеренного: отвечает ли сервер (30%), делает ли работу продукта (25%), описания (20%), контекст (10%) и использование (15%). Незамеренная часть не учитывается, а скрытая инструкция ограничивает оценку 40 баллами. Состояние MCP-серверов вендоров: методика и цифры →

Инструменты сервераинструментов: 17 · прочитано 2026-10-15
  • string_resolve_proteins

    Maps one or more protein identifiers to their corresponding STRING metadata, including: gene symbol, description, sequence, domains, species, and internal STRING ID. This method is useful for translating raw identifiers into readable…

  • string_interactions_query_set

    Retrieves the interactions between the query proteins. Use this method only when you specifically need to list the interactions between all proteins in your query set. - For a **single protein**, the network includes that protein and its…

  • string_all_interaction_partners

    Retrieves all interaction partners for one or more proteins from STRING. This tool returns all known interactions between your query protein(s) and **any other proteins in the STRING database**. - Use this when asking **“What does TP53…

  • string_visual_network

    Retrieves a URL to a **STRING interaction network image** for one or more proteins. - For a single protein: includes the protein and its top 10 most likely interactors. - For multiple proteins: includes all known interactions **within the…

  • string_network_clustering

    Performs **network clustering** on a STRING interaction network and returns a network image URL, an interactive STRING network URL, and details about each detected cluster. Provide a table with each detected cluster’s color…

  • string_network_link

    Retrieves a stable URL to an interactive STRING network for one or more proteins. - For a single protein: includes the protein and its top 10 most likely interactors. - For multiple proteins: includes all known interactions **within the…

  • string_homology

    Retrieves pairwise protein similarity scores (Smith–Waterman bit scores) for the query proteins. - If no target species (`species_b`) is provided, results are intra-species (within the query species). - To retrieve homologs in other…

  • string_interaction_evidence

    Retrieves direct links to STRING evidence pages for protein–protein interaction pairs. Use this tool only when a STRING evidence page/link is needed. To determine whether an interaction is supported, use `string_interactions_query_set`…

  • string_enrichment

    This tool retrieves functional enrichment for a set of proteins using STRING. - If queried with a single protein, the tool expands the query to include the protein’s 10 most likely interactors; enrichment is performed on this set, not the…

  • string_functional_annotation

    This tool retrieves curated functional annotations for a set of proteins. Each input protein is mapped to known biological terms from ontologies, pathway databases, tissues, compartments and domains — such as Gene Ontology (GO), KEGG, and…

  • string_enrichment_image_url

    Retrieves a STRING enrichment figure (image URL) for a set of proteins. For the enriched terms and FDR values, use `string_enrichment`. - Each figure shows a single enrichment category; call again with another `category` to show a…

  • string_ppi_enrichment

    This tool tests if your network is enriched in protein-protein interactions compared to the background proteome-wide distribution (i.e., if your proteins are more functionally connected than expected by chance). - The enrichment is…

  • string_proteins_for_term

    Retrieve proteins annotated with a functional term or descriptive text in a single species. You can query for tissues, compartments, diseases, processes, pathways, and domains. IMPORTANT: For cross-species comparisons, run this tool…

  • string_sequence_search

    Searches the STRING database using **amino acid sequences** to identify matching proteins. - Accepts a single sequence or multiple sequences in FASTA format. - Returns the most similar STRING protein(s) for the specified species, based on…

  • string_query_species

    Search for species or clades available in STRING by free-text query and return their NCBI taxonomy IDs. - Use this when the user asks which species or clades are present in STRING, or when you need the correct NCBI taxon ID to pass to…

  • string_create_file

    Creates a downloadable file for STRING-derived results. Use this tool when the user explicitly asks to download, save, export, or receive a file containing STRING data, tables, protein lists, enrichment results, networks, etc. When a…

  • string_help

    Provides explanatory text for STRING features and limitations. Use this tool when the user question involves: - What is STRING is or how to use the tool (how_to_use_string, cytoscape) - functionality not available via MCP tools (e.g. GSEA…

Как подключить

Добавьте сервер в конфиг MCP-клиента. Claude Desktop, Cursor и большинство других клиентов понимают такой вид:

{
  "mcpServers": {
    "string-mcp": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

Подключить

Claude Code, в терминале

claude mcp add --transport http string-db https://mcp.string-db.org/

Добавить в CursorДобавить в VS Code

claude.ai, ChatGPT и другие клиенты: добавьте https://mcp.string-db.org/ как свой коннектор в настройках.

Каждую строку нашла программа: запись в реестре, ответ самого сервера, спецификация, которая разбирается. Если строки нет, значит, мы этого не нашли, а не что этого нет.